Cộng hòa Séc

Pudil bắt đầu ở lứa trẻ của tuyển Cộng hòa Séc với Sparta Prague. Anh rời câu lạc bộ năm 18 tuổi và đầu quân cho FK Chmel Blšany. Tại Chmel Blšany Pudil từng chơi hậu vệ trái để phòng ngự và ghi hai bàn sau 11 lần ra sân. Sau 6 tháng Pudil gia nhập FC Slovan Liberec. Dù có 12 trận ra sân ở mùa bóng đầu tiên, Pudil sớm trở thành nhân tố trong đội một giành chức vô địch quốc gia lần thứ hai, khi mà Pudil có 29 trận đá và ghi 3 bàn. Trong mùa giải đó, Pudil ghi bàn thắng đầu tiên trong sự nghiệp trong trận hòa 2–2 với Příbram vào ngày 7 tháng 11 năm 2005. Suốt cả mùa, Pudil buộc phải chứng tỏ năng lực trong đội hình xuất phát 11 người tại câu lạc bộ.

Năm 2007, anh có trận thử việc cho câu lạc bộ Watford của Anh, nhưng huấn luyện viên Aidy Boothroyd không muốn ký hợp đồng với Pudil theo dạng dài hạn.[3][4]

Ở mùa 2007–08 anh có 3 trận thi đấu cho Slovan Liberec, rồi Pudil rời Liberec để gia nhập SK Slavia Praha dưới dạng cho mượn trong một mùa giải và có trận ra mắt đội bóng mới vào ngày 15 tháng 9 năm 2007, trong trận hòa 0-0 trên sân khách trước Baník Ostrava; 4 ngày sau, anh có trận ra mắt Champions League trong chiến thắng 2–1 trước đội bóng Steaua București của Romani. Ngày 29 tháng 9 năm 2007, Pudil ghi được bàn thắng đầu tiên trong chiến thắng 7–1 trước Fastav Zlín; 4 ngày sau nữa anh ghi bàn đầu tiên trong trận thua 2–1 trước Sevilla và bàn thắng thứ ba của anh đến trong trận thắng 2–0 trước Sparta Prague 6 hôm sau. Tại trận thứ ba của UEFA Champions League ở vòng bảng, Pudil được lựa chọn vào đội hình khi Arsenal đè bẹp Slavia 7–0.[5] 6 hôm sau trận thảm bại 7–0, Pudil thi đấu trận gặp câu lạc bộ cũ trong trận hòa 1–1; nhưng lần gặp gỡ kế tiếp xảy ra 6 tháng sau, khi Pudil có một pha kiến tạo cho Zdeněk Šenkeřík lập công để ghi bàn duy nhất trong trận. Sau khi Slavia Praha bị loại khỏi Champions League để xuống chơi ở Cúp UEFA, Pudil kiến tạo một bàn cho Matej Krajčík đẻ giành trận hòa 1–1 trước Tottenham Hotspur ở lượt trận thứ hai. Tuy nhiên, Slavia Praha thua chung cuộc 3–1 do đã để thua Spurs ở lượt trận đầu tiên. Vào trận cuối cùng của mùa giải, Pudil ghi bàn trong trận hòa 2–2 trước Baumit Jablonec. Cuối mùa giải đó, Slavia Praha giành chức vô địch quốc gia. Do lối sống xa hoa và gây nhiều tranh cãi, Slavia Praha đã quyết định ngừng ký hợp đồng tiếp với Pudil.